Der Aktionsplan Ostseeschutz 2030 wird durch das Land Schleswig-Holstein umgesetzt. Hierzu arbeiten insbesondere das Ministerium für Energiewende, Klimaschutz, Umwelt und Natur (MEKUN), das Ministerium für Landwirtschaft, ländliche Räume, Europa und Verbraucherschutz (MLLEV), das Ministerium für Wirtschaft, Verkehr, Arbeit, Technologie und Tourismus (MWVATT) und das Ministerium für Inneres, Kommunales, Wohnen und Sport (MIKWS) des Landes Schleswig-Holstein zusammen. Sie werden dabei durch einen wissenschaftlichen Beirat unterstützt. Darüber hinaus ist es ein wesentliches Ziel des APOS 2030, die unterschiedlichen Akteursgruppen entlang der Ostseeküste einzubinden. Unternehmen, Organisationen, die an, mit und von der Ostsee leben, sollen die Möglichkeit haben, etwa im Rahmen eines Partnerprogramms, einen eigenen Beitrag zum Schutz der Ostsee zu leisten.