Das sind Ahrensburg, Bad Oldesloe, Bad Schwartau, Eckernförde, Elmshorn, Flensburg, Geesthacht, Heide, Husum, Itzehoe, Kaltenkirchen, Kiel, Lübeck, Neumünster, Norderstedt, Pinneberg, Quickborn, Reinbek, Rendsburg, Schleswig und Wedel. In Selbstverwaltungsangelegenheiten berät und unterstützt das Innenministerium diese Gebietskörperschaften und soll als Rechtsaufsicht die Rechtmäßigkeit der Aufgabenerfüllung gewährleisten. Maßnahmen gegen die Kommunen, die über eine Beratung hinausgehen, kann die Kommunalaufsicht nur bei eindeutigen Rechtsverstößen ergreifen. In Fragen der Zweckmäßigkeit des Verwaltungshandelns kann sie keine Weisungen erteilen.

In kommunalen Selbstverwaltungsangelegenheiten der Städte über 20.000 Einwohner und der Kreise können sich die Bürger mit Anregungen und Beschwerden an das Innenministerium als Kommunalaufsichtsbehörde wenden, sofern das allgemeine öffentliche Wohl betroffen ist. Die Kommunalaufsichtsbeschwerde ersetzt dagegen nicht den bundesrechtlich normierten gerichtlichen Rechtsschutz und dient nicht dazu, individuelle Interessen einzelner Bürger gegen die Behörden durchzusetzen.

Für alle Gemeinden mit bis zu 20.000 Einwohnern, für die Gemeinde Henstedt-Ulzburg und für die Ämter übt die Landrätin bzw. der Landrat des jeweiligen Kreises die Kommunalaufsicht aus. Der Landrat fungiert dabei nicht – wie ansonsten mit dem überwiegenden Anteil seiner Tätigkeit – als Organ des Kreises, sondern als untere Landesbehörde. Das Innenministerium ist in diesen Fällen oberste Kommunalaufsichtsbehörde.