Die unternehmensbezogenen Direktzahlungen und Zuschüsse stellen einen bedeutenden Anteil der betrieblichen Erträge landwirtschaftlicher Unternehmen dar. Der größte Beitrag entsteht aus den EU-Direktzahlungen (1. Säule), insbesondere aus der Betriebsprämie. Hinzu kommen die aus dem Bundeshaushalt finanzierte Agrardieselvergütung, die von Bund und Ländern im Rahmen der Gemeinschaftsaufgabe Agrarstruktur- und Küstenschutz (GAK) gewährten Zuschüsse für einzelbetriebliche Investitionen, die Ausgleichszulage für benachteiligte Gebiete sowie Zahlungen aus Agrarumweltmaßnahmen.

Im Wirtschaftsjahr 2019/20 betrugen die unternehmensbezogenen Direktzahlungen und Zuschüsse in den Haupterwerbsbetrieben Schleswig-Holstein bezogen auf den Hektar landwirtschaftlich genutzter Fläche (ha/LF) 347 Euro (Quelle: Testbetriebsnetz des BMEL). Davon entfielen 284 Euro je ha/LF auf die Direktzahlungen (81 %). Je Unternehmen ergibt sich ein Betrag von knapp 41.000 Euro. Die Zahlungen machten damit im Wirtschaftsjahr 2019/20 einen Anteil von 8,8 % der betrieblichen Erträge aus. Der Anteil der Zahlungen insgesamt plus Personalaufwand je Arbeitskraft betrug im Durchschnitt 50 %. Im Vergleich der Bundesländer liegt Schleswig-Holstein den Bezug auf die Höhe der Zahlungen je ha/LF im unteren Bereich und damit unter dem Bundesdurchschnitt von 417 Euro. Die Zahlungen befinden sich in den süddeutschen Ländern auf deutlich höheren Niveau (z. B. 508 je ha/LF in Bayern, 461 Euro je ha/LF in Baden-Württemberg und 427 Euro je ha/LF in Thüringen), weil dort zusätzliche Mittel im Rahmen länderspezifischer Maßnahmen (vor allem Ausgleichszulage und Agrarumweltmaßnahmen) gewährt werden.

Aufgrund der großen Betriebe resultiert dennoch für Schleswig-Holstein der im alten Bundesgebiet dritthöchste Betrag an Zahlungen je Unternehmen nach dem Saarland und Hessen.