Der Gerichtsbezirk bestimmt den räumlichen Bereich, für den das Amtsgericht Flensburg örtlich zuständig ist. Der Gerichtsbezirk umfasst folgende Gemeinden:

• Ahneby
• Ausacker
• Böxlund
• Dollerup
• Eggebek
• Esgrus
• Flensburg
• Freienwill
• Gelting
• Glücksburg
• Großenwiehe
• Großsolt
• Grundhof
• Handewitt
• Harrislee
• Hasselberg
• Hörup
• Holt
• Hürup
• Husby
• Janneby
• Jardelund
• Jerrishoe
• Jörl
• Kronsgaard
• Langballig
• Langstedt
• Lindewitt
• Maasbüll
• Maasholm
• Medelby
• Meyn
• Munkbrarup
• Nieby
• Niesgrau
• Nordhackstedt
• Oeversee
• Osterby
• Pommerby
• Quern
• Rabel
• Rabenholz
• Ringsberg
• Sankelmark
• Schafflund
• Sieverstedt
• Sörup
• Sollerup
• Stangheck
• Steinberg
• Steinbergkirche
• Sterup
• Stoltebüll
• Süderhackstedt
• Tarp
• Tastrup
• Wallsbüll
• Wanderup
• Wees
• Weesby
• Westerholz