Das Antragsverfahren für die Bauvorhaben wird in seinen Grundsätzen durch das Handbuch für die Durchführung von Bauaufgaben des Landes Schleswig-Holstein (HBBau) bestimmt. Mögliche Bedarfe sind von der Hochschule oder dem Universitätsklinikum Schleswig-Holstein weiterhin gemeinsam mit dem Ministerium für Allgemeine und Berufliche Bildung, Wissenschaft, Forschung und Kultur, dem Finanzministerium und der Gebäudemanagement Schleswig-Holstein (GMSH) zu ermitteln und in Arbeitsgruppen zu konkretisieren. Baugebundene Großgeräte sind in die Gesamtkalkulation mit einzubeziehen.
Mit der Aufnahme in die mittelfristige Finanzplanung und Einstellung in den aktuellen Haushalt erhält das Vorhaben einen verbindlichen Finanz- und Realisierungsrahmen. Die ordnungsgemäße Durchführung der Baumaßnahme wird dem MBWFK durch Vorlage der Schlussrechnung bescheinigt.

Das Verfahren für die Forschungsbauten nach Artikel 91 b Grundgesetz (GG) ist etabliert und durch die „Grundsätze zur Begutachtung von Forschungsbauten an Hochschulen“ des Wissenschaftsrates konkret beschrieben worden. Ziel ist es, die Infrastruktur der deutschen Hochschulen für eine erfolgreiche Teilnahme am nationalen und internationalen Wettbewerb in der Forschung zu verbessern. Gefördert werden können Bauten an Hochschulen mit Investitionskosten von mehr als fünf Millionen Euro, die weit überwiegend der Forschung dienen und überregionale Bedeutung haben.
Im Rahmen der neuen Förderung können die Länder kontinuierlich Vorhaben planen und Anträge für Forschungsbauten stellen. Der Wissenschaftsrat wird die den Forschungsbauten zugrunde liegende Forschungsprogrammatik begutachten und der Bund-Länder-Kommission für Bildungsplanung und Forschungsförderung (BLK) empfehlen, welche der von den Ländern angemeldeten Vorhaben finanziert werden sollen. Die Empfehlungen des Wissenschaftsrates werden eine Reihung der Projekte unter Berücksichtigung ihrer wissenschaftlichen Qualität und nationalen Bedeutung umfassen.