Das Antragsverfahren umfasst die Anmeldung nach Artikel 143 c Grundgesetz (GG) - Großgeräte der Länder - und Artikel 91 b GG - Forschungsgroßgeräte. Zu den Ländergroßgeräten gehören auch Geräte, die bauseitig veranschlagt und fest in den Baukörper installiert werden müssen.
Mit der Einleitung des Begutachtungsabschnitts gelten für die Großgeräte der Länder (Art. 143 c GG) folgende Kriterien:

• Die Bagatellgrenze beträgt an Fachhochschulen 100.000 Euro und an den übrigen Hochschulen 200.000 Euro.
• Als Antragsteller können das Land oder die Hochschulen auftreten. Dabei muss jedes Land für sich eine einheitliche Regelung schaffen.
• Upgrades und Ergänzungen werden nur dann in die Begutachtung einbezogen, wenn sie für sich über der Bagatellgrenze liegen (alt: Komponentenbeschaffung).
• Im gesamten IT-Bereich, nicht nur in der Medizin, prüft die DFG auch Gesamtkonzepte. Bei der Definition dieses Begriffs wird kein enger Maßstab angelegt. Die Gesamtkonzepte sind jedoch immer mit konkreten Beschaffungsanträgen verbunden. Die Begutachtung von reinen Netzkonzepten kann wie bisher erfolgen.
• CIP und WAP werden nicht mehr begutachtet.
• Bei Miete/Leasing entscheidet der Anschaffungspreis über die Einhaltung der Bagatellgrenze.

Das Großgeräteverfahren beginnt mit der Übersendung der jeweiligen Antragsunterlagen durch die Hochschulen oder dem UKSH an das Wissenschaftsministerium.
Vor der Übersendung der Anträge ist die Weitergabe von den zentralen Hochschulgremien (Präsidium oder Vorstand) zu befürworten und die Finanzierung des Landesanteiles (aus dem Etat der Hochschule bzw.des Klinikums) zuzusichern. Dies gilt insbesondere für die Geräte nach Artikel 91 b GG, da die Hochschule diese Beschaffung direkt mit der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG) durchführt und keine Zuweisungen aus dem Wissenschaftsministerium erhält.

Nach Eingang der Unterlagen im Wissenschaftsministerium wird geprüft, ob der Antrag den formellen Anforderungen genügt. Wesentliche Kriterien hat die DFG auf ihrer Internetseite abgebildet. Sofern notwendig, werden hausintern (z. B. IT-Referat) Stellungnahmen erbeten oder bei strittigen Fragen vorab Kontakt zur DFG aufgenommen.

Anschließend wird das Großgerät erfasst und in die Planung für das entsprechende Haushaltsjahr aufgenommen. Potenzielle Beschaffungen werden dabei bereits frühzeitig durch eine Bedarfsabfrage ermittelt und bei den Planungen berücksichtigt. Bestehen keine weiteren Bedenken, werden die Großgeräteanträge (vierfach) zur Begutachtung an die Geschäftsstelle der DFG gegeben.
Innerhalb der Geschäftsstelle der DFG werden alle Großgeräteanträge der Länder von der Gruppe "Wissenschaftliche Geräte und Informationstechnik" bearbeitet.

Für jede Gerätegruppe ist ein bestimmter Programmdirektor zuständig. Der Eingang bei der DFG wird dem jeweils verantwortlichen Antragsteller sofort mitgeteilt. Gegebenenfalls werden mit dieser Eingangsbestätigung auch fehlende Unterlagen oder sachliche Korrekturen im Antrag nachgefordert.
Die Unterlagen werden zur weiteren Begutachtung an unabhängige, fachkompetente Gutachter (Peer-Review-Verfahren) versandt.

Bis zur DFG-Empfehlung vergehen in der Regel drei bis sechs Monate. Während dieser Zeit nimmt die DFG Kontakt zum Antragsteller auf, fordert Unterlagen nach oder stimmt bilateral Problemfälle - oder auch unter Beteiligung des Wissenschaftsministeriums - ab. Wesentlicher Aspekt der Begutachtung nach Artikel 143 c GG ist die Notwendigkeit des Gerätes entsprechend dem geplanten Einsatz in der Forschung, der Ausbildung und Lehre und der Krankenversorgung.

Bei Geräten nach Artikel 91 b GG werden die Gutachter:innen gefragt, ob sie das gewünschte Gerät für die Arbeitsrichtung und die Forschungsvorhaben für erforderlich halten. Insbesondere geht es dabei um die wissenschaftlichen Aktivitäten der beteiligten Antragsteller und Arbeitsgruppen.
Bei der Beurteilung sind weiterhin die im Fachbereich vorhandenen Großgeräte sowie eine kompetente Betreuung des beantragten Großgerätes von Bedeutung.
Schließlich kommentieren die Gutachter:innen auch Auswahl, Ausstattung und Preise anhand der vorgelegten Angebote sowie aus eigener Erfahrung und gehen auf die Kalkulation der Folgekosten ein. Die Frage der Folgekosten ist insbesondere bei solchen Großgeräten relevant, deren Betrieb mit hohen Personal- und/oder Sachkosten verbunden ist.

Mehrere in einem sachlichen Zusammenhang stehende Anträge können auch in Form eines Antragspaketes zusammengefasst werden. Auch bei gemeinsamer Begründung muss für jedes Gerät ein eigener Antrag ausgefüllt werden. Nach Ende der Begutachtung geben die Gremien der DFG (der Apparateausschuss oder die Kommission für Rechenanlagen) eine abschließende Empfehlung ab. Die Empfehlung wird dann dem federführenden Antragsteller, dem Bundesland und der Hochschule mitgeteilt.

Bei Forschungsgroßgeräten (Artikel 91 b GG) wird das Wissenschaftsministerium nur nachrichtlich informiert. Die Hochschule führt die Beschaffung allein - unter Anleitung und/oder Beachtung möglicher DFG-Hinweise - durch. Nach Abschluss der Beschaffung legt die Hochschule der DFG einen Verwendungsnachweis vor.

Bei den Großgeräten der Hochschulen (Artikel 143 c GG) erfolgt die maßgebliche Beschaffungsfreigabe durch das Wissenschaftsministerium. Ist diese erfolgt, leitet die Hochschule den Beschaffungsvorgang ein und weist dem Wissenschaftsministerium – nach durchgeführter Beschaffung – die Mittelverwendung durch eine Schlussabrechnung nach.