Die nördlichste Staatsanwaltschaft Deutschlands ist eine der sogenannten „kleinen" Staatsanwaltschaften in Schleswig-Holstein. Hier sind insgesamt 90 Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter beschäftigt, davon 30 Staatsanwältinnen und Staatsanwälte, Amtsanwältinnen und Amtsanwälte. Jährlich werden knapp 30.000 Ermittlungsverfahren bearbeitet.

Zum Zuständigkeitsbereich der Staatsanwaltschaft Flensburg gehören die Amtsgerichte Flensburg, Husum, Niebüll und Schleswig.
Die Staatsanwaltschaft Flensburg ist in Schleswig-Holstein die zuständige Behörde für Staatsschutzdelikte (§ 74a GVG).

Derzeit gibt es drei Abteilungen und drei Gruppen, denen u.a. Kapitaldelikte, Umwelt-delikte, Betäubungskriminalität, Jugendkriminalität, Sexualdelikte und allgemeine Strafsachen zugeordnet sind.