Das Landesamt für Umwelt (LfU, Flintbek) führt regelmäßige Untersuchungen in den Küstengewässern und den daran angrenzenden Küstenmeeren in Nord- und Ostsee durch. Damit werden die Verpflichtungen aus den Bund/Länder-Messprogrammen für die Nord- und Ostsee sowie zur Umsetzung der EG-Wasserrahmenrichtlinie im Bereich der Küstengewässer erfüllt.

Dazu führt das LfU hydrographisch-chemische Messprogramm wie folgt durch:

In der Nordsee werden 21 Stationen zwischen Sylt und der Elbemündung dreimal jährlich (Februar, August und November) mit dem Schiff beprobt. Darüber hinaus werden 17 dieser Stationen zehnmal jährlich mit dem Hubschrauber beprobt.

In der Ostsee sind es 25 Stationen zwischen der Flensburger Innenförde im Norden und der Trave im Südosten, die jährlich bis zu zwölfmal beprobt werden.

Die Probenahmen und Untersuchungen erfolgen mit dem Mess- und Laborschiff "M/S Haithabu" des Landesbetriebs für Küstenschutz, Nationalpark und Meeresschutz (LKN, Husum). Die allgemeinen physikalisch-chemischen Messgrößen werden direkt mittels einer Multiparametersonde in einem Vertikalprofil gemessen. Aus den Standard-Wassertiefen (ein Meter unter der Oberfläche, ein Meter über dem Meeresgrund) werden Wasserproben entnommen. Im Schiffslabor wird gleich im Anschluss mittels Winkler-Analyse der Sauerstoffgehalt bestimmt. Die Nährstoffparameter (Stickstoff- und Phosphorverbindungen, Silikat) werden später im Labor des LfU gemessen. Weitere Untersuchungen auf Schadstoffe (Schwermetalle und halogenierte Kohlenwasserstoffe) erfolgen mittels aufwändiger instrumenteller Analytik im Landeslabor Schleswig-Holstein in Neumünster in Wasser- und Sedimentproben sowie in Miesmuscheln, jeweils aus der Nord- und Ostsee.