Die Hamburger Hallig ist die einzige Hallig, die als Naturschutzgebiet ausgewiesen ist. Sie gehört zum 1976 ausgewiesenen NSG „Nordfriesisches Wattenmeer“.
Nach § 3 der Landesverordnung über das Naturschutzgebiet „Nordfriesisches Wattenmeer“ vom 23. August 1982 dient das Gebiet „dem Schutz der Vielfalt der erdgeschichtlichen und landeskundlichen Erscheinungen in einem einmaligen amphibischen Lebensraum mit charakteristischen Tier- und Pflanzenarten. In dem Naturschutzgebiet ist die Natur in ihrer Ganzheit zu erhalten und, soweit erforderlich, zu entwickeln und wiederherzustellen.“
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