Der Wyker Binnenhafen befindet sich seit 1806 an dieser Stelle. Die beiden vorherigen Standorte mussten aufgrund von Verlandungen aufgegeben werden.
Der erste Wyker Binnenhafen wurde 1711 westlich des heutigen Hafens errichtet. Noch bis in den 1960er Jahren blieb der verlandete ehemalige Hafen als Teich und Parkanlage erhalten. Heute befindet sich dort ein Gewerbegebiet. Dieser Hafen wurde bei der großen Sturmflut im Jahre 1717 zerstört. Eine dadurch entstandene Wehle wurde bis 1745 als Hafen genutzt. Nachdem die Wehle aufgrund der Verlegung der der Osterlandföhrer Entwässerungsschleuse verlandete, entstand 1762-69 unter großen Schwierigkeiten der zweite Wyker Hafen. Zur Walfangzeit soll er bis zu 50 Schiffen Schutz geboten haben. Er befand sich dort, wo heute das Strandhotel steht. Durch Sandeintrag wurde die Zufahrt im Jahre 1792 verschlossen, so dass die Schiffe ihre Ladung direkt am Strand umschlagen mussten. Der 1806 errichtete dritte Binnenhafen reichte ursprünglich bis zum heutigen Rathausplatz, wo von 1829 bis 1922 eine Werft für Holzschiffbau und Reparaturen ansässig war. Das Hafenbecken war zu dieser Zeit nur etwa halb so breit wie heute.
Ab 1892 konnten die Passagierschiffe im Innnenhafen festmachen, nachdem an der südlichen Hafeneinfahrt eine hölzerne Pier gebaut worden war. Bis dahin hatten die Passagiere die Insel über die Mittelbrücke erreicht. Die hölzerne Pier wurde 1913 um 200 m verlängert, so dass eine Tideunabhängigkeit im Fährbetrieb erreicht werden konnte.
Im Jahre 1965 wurde mit einem umfassenden Um- und Ausbau des Hafens auf seine heutige Größe begonnen. Dazu wurde die Breite des Hafenbeckens verdoppelt und beträgt nunmehr 60 m. Zudem wurde die Hafeneinfahrt verbreitert. Das landseitige Ende des Hafenbeckens wurde zum Schutz der Hafen- und Königstraße zugeschüttet, da sie zuvor bei Sturmfluten regelmäßig überschwemmt wurden. Auf diesem Gelände entstanden der heutige Rathausplatz und die Deichanlagen mit den Fluttoren (Stöpen) sowie die Landesstraße (L214).
Die alte Mole wird zurzeit baulich neu überplant (Stand: 2017), da sie häufig überflutet wird. Von hier aus findet der Ausflugsverkehr zu den Inseln und Halligen statt.
Im Binnenhafen, der von Schiffen bis zu 60 m Länge, 13 m Breite und einem maximalen Tiefgang von 3 m befahren werden kann, werden rund 50.000 Tonnen Massengüter, darunter Baustoffe, Heizöl und Düngemittel, zur Versorgung der Insel umgeschlagen. Die Ausfuhr dominieren Getreidetransporte. Pro Jahr laufen etwa 250 Frachtschiffe den Hafen an (KUNZ & STEENSEN, 2013).
Der Hafen muss regelmäßig ausgebaggert werden, der er ansonsten versanden bzw. verschlicken würde.
1968 wurden die Fähranleger und 1984 der Sportboothafen gebaut.
