Schleswig-Holstein hat für Seehunde und Kegelrobben eine besondere Verantwortung. Sie bilden einen unersetzlichen Bestandteil des Wattenmeer-Ökosystems. Darüber hinaus sind sie als Indikatoren für den Zustand des Wattenmeeres von großer Bedeutung. Das Artenhilfsprogramm will dazu beitragen, dass die günstigen Erhaltungszustände für Seehunde und Kegelrobben im Wattenmeer nachhaltig bewahrt bleiben.
Die Bestandsentwicklung der Seehunde und Kegelrobben wird im Rahmen des trilateralen Monitoringplans durch Zählungen aus dem Flugzeug dokumentiert.
Nach den letzten größeren seuchenhaften Viruserkrankungen, die 1988 und 2002 jeweils 50-60 Prozent des Seehundbestands im Wattenmeer vernichteten, sind die Bestände jahrzehntelang wieder angewachsen. Zuletzt wurden jedoch regional unterschiedlich stark ausgeprägte Bestandsrückgänge festgestellt, so dass die Entwicklung der Bestandszahlen auch weiterhin beobachtet werden muss.
Die von Schleswig-Holstein entwickelte Heulervermeidungsstrategie ist nach den Beschlüssen der 7. Trilateralen Regierungskonferenz 1994 allgemeines Ziel im Wattenmeer geworden. Dazu gehört vor allem der Appell an die Besucher des Wattenmeeres, Heuler an ihren Liegeplätzen zu belassen und unverzüglich den zuständigen Seehundjäger zu benachrichtigen.
Nahezu alle Liege- und Wurfplätze der Seehunde und Kegelrobben sind durch "Besondere Schutzgebiete" für das Befahren und Betreten gesperrt, sodass dort weitgehend Störungen vermieden werden. Ausflugsfahrten zu den Seehundbänken werden nach Abstimmung mit der Nationalparkverwaltung durchgeführt. Es werden im Bereich Helgoland zusätzlich Maßnahmen gefördert, um die Liege- und Wurfplätze der Kegelrobben abzusperren bzw. eine naturverträgliche touristische Nutzung zu ermöglichen.
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