Bei der Gewässerunterhaltung ist darauf zu achten, ob ein Naturschutzgebiet oder ein FFH- oder ein Vogelschutzgebiet berührt wird. Darüber hinaus dürfen Vorkommen besonders und streng geschützter Arten nirgendwo beeinträchtigt werden. Dies gilt auch außerhalb der genannten Schutzgebiete. Über die Regelungen im Detail sind die Kreise als untere Naturschutzbehörde und als untere Wasserbehörde informiert worden. Eine Zusammenfassung der naturschutzrechtlichen Anforderungen an die Gewässerunterhaltung, eine Aufzählung der betroffenen Arten sowie Tabellen, aus denen sich ergibt, wie in der Praxis Beeinträchtigungen geschützter Arten vermieden werden können, enthält der hier im PDF-Format bereitgestellte Erlass vom 20.09.2010: Naturschutzrechtliche Anforderungen an die Gewässerunterhaltung  (PDF, 186KB, Datei ist nicht barrierefrei).