Von ihren beiden Standorten in Husum und Meldorferhafen aus unterstützt die Logistik den Regiebetrieb. Hier ist z. B. der Schiffsbetrieb inklusive Trockendock angesiedelt. Zur Logistik gehören alle Werkstätten für etwa 1.200 technische Arbeitsmittel und Anlagen, das Magazin und die Lagerhaltung sowie der Einkauf.

Durch den eigenen Schiffsbetrieb im LKN-SH wird die Versorgung der Baustellen an der schleswig-holsteinischen Westküste mit Material und Gerät sichergestellt. Weitere Aufgaben liegen im Bereich der hydrographischen und hydrologischen Messung für die Gewässerkunde, des Monitorings sowie der Aufrechterhaltung der Befahrbarkeit der landeseigenen Häfen in Husum, Büsum und Friedrichskoog im Nassbaggereibetrieb sowie bei der Ölunfallbekämpfung. Bei dieser letzten Aufgabe arbeitet der Regiebetrieb eng mit dem Havariekommando in Cuxhaven zusammen.