Im Gentechnikgesetz (GenTG) ist festgelegt, dass die zuständigen Landesbehörden die Durchführung des Gesetzes und seiner Verordnungen zu überwachen haben. In Schleswig-Holstein wird die Überwachung von gentechnischen Anlagen sowie von gentechnischen Arbeiten in gentechnischen Anlagen vom Ministerium für Energiewende, Klimaschutz, Umwelt und Natur (MEKUN) wahrgenommen.
Im Rahmen der regelmäßigen Überwachung werden u.a. die im Bescheid auferlegten Sicherheitsmaßnahmen wie biologische, organisatorische, bauliche und technische Sicherheitsmaßnahmen (z.B. die Entsorgung der Abwässer und des Abfalls, der gentechnisch veränderte Organismen (GVO) enthält, oder die regelmäßige Unterweisung der Beschäftigten) überprüft. Vereinzelt werden in gentechnischen Anlagen Stichproben der GVO entnommen und auf ihre Identität und Reinheit untersucht. Sofern Beanstandungen festgestellt werden, sind diese vom Betreiber innerhalb einer gesetzten Frist zu beseitigen.
Die Überwachung der Einhaltung arbeitsschutzrechtlicher Bestimmungen obliegt der Staatlichen Arbeitsschutzbehörde bei der Unfallkasse Nord.