Auf der Koordinierungsstelle für Spezialeinheiten werden die aus Schleswig-Holstein, aber auch aus anderen Bundesländern und dem Ausland eingehenden Einsatzersuchen bewertet und anschließend dem Mobilen Einsatzkommando (MEK) oder dem Spezialeinsatzkommando (SEK) zugewiesen. Außerdem werden dort Einsätze für weitere Spezialkräfte wie die Beratergruppe und Verhandlungsgruppe sowie für den Aufklärungszug und Beweis- und Festnahmeeinheit koordiniert.

• Das MEK betreibt durch Observation ermittlungsunterstützenden und verdeckten Erkenntnisgewinn, sowie daraus resultierende qualifizierte Festnahmen.
• Das SEK ist für die Festnahme von bewaffneten und besonders gewaltbereiten Personen zuständig.

Als weiteren ermittlungsunterstützenden Service bietet die Abteilung 5 technische Überwachung von Objekten und Personen sowie die Zentralstelle für die Telekommunikationsüberwachung an. Im Bereich der Verdeckten Ermittlungen unterstützt die Abteilung 5 andere Dienststellen in besonders gelagerten Fällen auch mit nicht offen ermittelnden Beamten und ist zudem zuständig für Zeugenschutzfälle.