In den 70ziger und 80ziger Jahren des 20. Jahrhunderts gingen die Fledermausbestände in Schleswig-Holstein drastisch zurück, ohne dass die Ursachen hierfür genau bekannt waren. Das Artenhilfsprogramm sollte hier Abhilfe schaffen. Daneben besteht auch weiterhin das Ziel, günstige Lebensbedingungen für die verschiedenen Arten zu schaffen und nachhaltig zu sichern. Das Land fördert verschiedene Maßnahmen zur Erfassung, zur biologischen Forschung und zum Schutz der Fledermäuse. Von herausragender Bedeutung für den Fledermausschutz ist das Naturdenkmal „Segeberger Kalkberg und Kalkberghöhle“. Heute wissen wir, dass es zu den bedeutendsten Fledermausquartieren Mitteleuropas zählt. Ferner hat die Levensauer Hochbrücke in Kiel als größtes deutsches Überwinterungsquartier für den Großen Abendsegler europaweite Bedeutung.
Verglichen mit der Einschätzung von 1990 hat sich der Kenntnisstand für diese Artengruppe verbessert, von den 15 nachgewiesenen Arten sind aber nur wenige weit verbreitet und häufig. Durch die Sicherung und Schaffung von Sommer- und Winterquartieren haben sich vielerorts die Zahlen der dort angetroffenen Tiere deutlich erhöht. Weitere Informationen erhalten Sie in der Roten Liste der Säugetiere.
Waldlebende Arten können von einem steigenden Angebot und einem verbesserten Schutz von Höhlenbäumen, die als Sommerquartiere, zum Teil auch als Winterquartiere dienen, profitieren. Die in den Landesforsten etablierten externen und internen Programme, Richtlinien und Regelwerke garantieren neben der FSC-Zertifizierung eine naturnahe Waldbewirtschaftung sowie eine Integration von Naturschutzzielen. Unter anderem wurden hier neben der Stilllegung von über 10% der Wälder und Ausweisung von Altbaumrefugien mehr als 80.000 Habitatbäume gesichert, die nicht mehr genutzt werden. Mehrere Winterquartiere, die auf Flächen der Landesforsten aus dafür umgebauten ehemaligen Bundeswehr-Bunkern entstanden sind, zeigen einen steigenden Trend, sowohl bei der Anzahl wie auch bei den Arten. Mehrere Kastenreviere bedienen ein intensives Monitoring und für seltene Arten wie der Bechsteinfledermaus gibt es gezielte Artenschutzmaßnahmen basierend auf wissenschaftlicher Forschung.
Positiv mögen sich auch zahlreiche Einzelmaßnahmen zur Erhöhung und Verbesserung des Anteils naturnaher Bereiche durch Flächenankäufe und -entwicklung insbesondere durch die Stiftung Naturschutz , private Stiftungen, Verbände und Kommunen, durch Extensivierungsmaßnahmen und Flächenstilllegungen ausgewirkt haben. Der Anteil von Flächen ohne Biozideinsatz wurde dadurch erhöht. Durch diese Maßnahmen konnten die Nahrungsgrundlagen für die Fledermäuse verbessert werden.
